Šakninis aplankas (disko šakninis skaidinys, disko loginio skaidinio šaknis, šakninis katalogas) paprastai vadinamas visų failų ir aplankų, saugomų pasirinktoje grupėje, loginių charakteristikų nuosekliuoju katalogu.
Šaknies aplanko kūrimas atliekamas automatiškai formatuojant tūrio skaidinį. Fizinis šakninio skaidinio išdėstymas vyksta už FAT atsarginės kopijos. Bet kuriam loginio skaidinio šaknies objektui būdingos kelios 32 arba 64 baitų sekos, kurios apima: - kelią iki pasirinkto failo objekto „pradžios“(pirmojo sankaupos adreso); - objekto pavadinimą; - objektą atributai (sistema, paslėpta, archyvas); - objekto sukūrimo data; - objekto sukūrimo laikas; - objekto dydis ir kt. „Windows Explorer“rodoma disko struktūra yra beveik visiškai paimta iš šakninio aplanko. Šie šakninio skaidinio objektai yra didžiausias susidomėjimas vartotoju: - boot.ini - sistemos įkrovos failas. Yra paslėptas. Būtina įdiegti operacinę sistemą ir jos keisti negalima, nebent tai yra absoliučiai būtina; - pagefile.sys - jei neįmanoma išsaugoti tam tikrų programų dalių ir informacinių failų kompiuterio RAM, šis paslėptas failas skirtas talpinti reikiamus duomenis; - hiberfil.sys - leidžia naudoti funkciją užmigdymo režimu, išsaugant visus kompiuterio atminties duomenis kietajame diske, kai išjungiamas, ir atkuriant išsaugotą informaciją atnaujinant darbą; - perdirbėjas - paslėptas aplankas, skirtas išsaugoti ištrintus duomenis; - sistemos tūrio informacija - paslėptas aplankas, naudojamas sistemos talpyklai išsaugoti, ir sistemos registro kopijos. Šiame aplanke esanti informacija reikalinga norint atlikti sistemos atkūrimo procedūrą. Informacija iš atkūrimo taškų yra RPxSnapshot aplankuose _restore {GUID}; - Dokumentai ir nustatymai - aplankas naudojamas vartotojo profilio duomenims išsaugoti.